Esta clasificación se basa en estudios morfológicos de plantas, o sea en la taxonomía vegetal. En los animales y parte de los microorganismos, los metabolitos finales son generalmente excretados fuera del cuerpo, mientras que en las plantas los metabolitos son depositados dentro de la planta. Aunque se pensaba que algunos metabolitos eran específicos de algunas plantas, se sabe hoy que están ampliamente distribuidos en el reino vegetal y de hecho muchos constituyentes de plantas tales como alcaloides e isoprenoides han sido aislados a partir de especies, géneros, o familias específicas de plantas. Por ejemplo, el “opium” de Papaver somniferum contiene veintitantos alcaloides tales como morfina, tebaína, codeína, y narcotina, todos ellos son biosintetizados a partir del precursor 1-bencilisoquinolina por acoplamiento oxidativo; así los alcaloides que tienen estructuras similares son constituyentes característicos de este género de plantas y se designan como alcaloides opiáceos. Similarmente, aparecen frecuentemente en la literatura los nombres que representan géneros y familias tales como ergot alcaloides, iboga alcaloides, y menispermaceae alcaloides. Nuestro conocimiento de los constituyentes vegetales se ha ampliado a una tremenda velocidad en los últimos años debido al avance en los métodos de aislamiento y microcaracterización. Esto ha conducido a un nuevo campo llamado “quimiotaxonomía” o “quimiosistemática”, la cual intenta estudiar los constituyentes de las plantas de acuerdo con su taxonomía. En definitiva, los constituyentes fotoquímicos son considerados como marcadores para conocer la evolución y la clasificación de las plantas.

Sin embargo, el número de compuestos conocidos para cada planta es aún bastante limitado, y, por otra parte, aún no se han estudiado todas las plantas. Indudablemente, un meticuloso y laborioso estudio a partir de una gran cantidad de material vegetal, conducirá a una idea más clara de su constitución y permitirá el aislamiento de productos conocidos aunque no tengan actividad biológica alguna. Aún así el conocimiento organizado de los constituyentes vegetales de acuerdo con la taxonomía es un área de mucha importancia e interés en la actualidad.