Por productos naturales entendemos las moléculas de la naturaleza. Obviamente, toda la vida está hecha con moléculas tales como proteínas, ácidos nucleicos, etc. y otras como la adrenalina o epinefrina. La adrenalina es una hormona humana que se produce en momentos de stress y que aumenta la presión sanguínea y el ritmo cardíaco en determinadas situaciones como las peleas y los vuelos aéreos. A los productos naturales pertenecen también alcaloides como la coniina, la molécula de la cicuta que mató a Sócrates, y terpenos como la tujona que es la toxina del ajenjo que mató en el siglo IXX a varios artistas en Paris. También existen productos naturales, tal como el colesterol, que pueden causar innumerables daños a través de enfermedades cardíacas pero que por otra parte es un componente vital de las paredes celulares, y el policétido tromboxano, un compuesto fundamental para el proceso de coagulación de la sangre. Así encontraremos entre ellos una gran variedad estructural que va desde el producto natural más pequeño, el óxido nítrico NO (que actúa como vasodilatador entre otras funciones) hasta el más grande, el policétido brevetoxina, un producto de algas rojas, que aparece de tiempo en tiempo en las aguas costeras y que mata el pescado y todo aquél que lo come. Muchos productos naturales son la fuente de importantes drogas que sirven para salvar vidas, como por ejemplo la penicilina, una familia de metabolitos con estructuras de aminoácidos.

Las reacciones químicas comunes a todos los seres vivos implican los metabolitos primarios de los cuatro grandes compuestos esenciales para la vida: carbohidratos, lípidos, proteínas y ácidos nucleicos. Hay sin embargo, otros compuestos que no son vitales pero que usualmente ayudan a la supervivencia, estos son los metabolitos secundarios. La exploración de los compuestos producidos por el metabolismo secundario de plantas, microorganismos, hongos, insectos, mamíferos y otros tipos de seres vivos comenzó hace mucho tiempo. Así se encontró una gran riqueza de variedad de estructuras y por ello es imprescindible una adecuada clasificación de los productos naturales.