Se trata de una clasificación formal basada en el tipo de esqueleto molecular. Así tendremos:

• Compuestos grasos o alifáticos de cadena abierta como: ácidos grasos, azúcares y gran cantidad de aminoácidos.


• Compuestos alicíclicos o cicloalifáticos como: terpenoides, esteroides y algunos alcaloides.


• Compuestos aromáticos o benzoicos como: fenoles, quinonas, etc.


• Compuestos heterocíclicos como: alcaloides, flavonoides, bases de ácidos nucleicos.

Puesto que se trata de una mera clasificación superficial, es obvio que muchos productos naturales estrechamente relacionados pertenecerán a más de una clase. Por ejemplo, el geraniol, el farnesol y el escualeno pertenecen a la clase 1, y el timol a la clase 3, pero debido a las consideraciones biogenéticas, son usualmente tratados con otros terpenoides bajo la clase 2.
farnesol