La vía digestiva es la más frecuente en las intoxicaciones voluntarias, criminales y accidentales. También penetran por esta vía los contaminantes ambientales que alcanzan y contaminan el agua y los alimentos.

El tubo digestivo es una membrana biológica que va desde la boca hasta el ano, y en él se absorben únicamente las sustancias liposolubles. Puesto que en el aparato digestivo hay distintos compartimentos con características histológicas, biológicas y fisicoquímicas distintas, y que influyen en la absorción, esta será diferente en uno u otro. El lugar donde mayor es la absorción es el estómago e intestino delgado (fundamentalmente duodeno). El mecanismo principal es la difusión pasiva, con influencia decisiva del pH del medio y de la liposolubilidad.

En el estómago se absorben, sobre todo, ácidos débiles, pues al tener un pH ácido (1 a 3) estos tóxicos se encuentran principalmente en forma no ionizada. Las bases débiles no se absorben allí, sino que lo hacen en el intestino (pH 5 a 7).