Destacamos algunos de sus trabajos por orden cronológico:

1908. Consideraciones respecto a la organización, género de vida y manera de fosilizarse de algunos organismos dudosos de la época silúrica y estudios de las especies de algas y huellas de gusanos arenícolas del silúrico inferior de Alcuescar (Cáceres). Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 8, 75-91.

1912. Itinerario geológico de Toledo a Urda. Trabajos del Museo Nacional de Ciencias Naturales (1), 47 p.

1912. Ensayo de síntesis geológica del Norte de la Península Ibérica. Trabajos del Museo Nacional de Ciencias Naturales (3), 136 p.

1914. Los vertebrados terrestres del Mioceno de la Península Ibérica. Memorias de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 9, 443-488.

1914. Las pinturas prehistóricas de Peña Tu (Asturias). Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas (2), 35 p.

1915. Geología y Paleontología del Mioceno de Palencia. Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas (5), 295 p.

1916. Geología. In: Compendio de Historia Natural. Imprenta de Fortanet. 1-172. Madrid.

1917. Hallazgo de tortugas gigantescas en el Mioceno de Alcalá de Henares. Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 17, 194-200.

1917. Acerca del yeso del cerro de los Ángeles (Madrid). Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 17, 572-579.

1917. Los grabados de la cueva de Penches. Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas, (17), 34 p.

1918. Le cambrien de la sierra de Córdoba (Espagne). Comptes rendu de l´Académie des Sciences de Paris, 3 p.

1918. Les Archaeocyatidae de la sierra de Córdoba (Espagne). Comptes rendu de l´Académie des Sciences de Paris, 3p.

1919. La caverna de la Peña de Candamo (Asturias). Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas (24), 281 p.

1921. La llanura manchega y sus mamíferos fósiles (yacimiento de la Puebla de Almoradier). Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas (28), 43 p.

1921. Nuevos yacimientos de vertebrados miocenos y deducciones de orden paleofisiográfico. Asociación Española para el Progreso de las Ciencias. Congreso de Oporto, (6), 159-170.

1921. El yacimiento de mamíferos cuaternarios de Valverde de Calatrava y edad de los volcanes de Ciudad Real. Real Sociedad Española de Historia Natural, T. 50 aniversario, 98-114.

1922. Rasgos fundamentales de la constitución e historia geológica del solar ibérico. Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 76 p.

1923. La vida de nuestros antecesores paleolíticos según los resultados de las excavaciones en la caverna de La Paloma (Asturias). Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas, (31), 38 p.

1924. Las pinturas prehistóricas de las cuevas de La Araña (Valencia): Evolución del arte rupestre en España. Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas, (34), 221 p.

1926. La Sierra Morena y la llanura Bética (Síntesis geológica). Guía Excursión precongreso. XIV Congreso Geológico Internacional, Madrid. Instituto Geológico de España, 150 p.

1927. Paleontología. Ed. Instituto Gallach. Barcelona, 132 p.

1927. Restos fósiles de grandes mamíferos en las terrazas del manzanares y consideraciones respecto a éstas. Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 27, 449-455.

1928. Los cinco ríos principales de España y sus terrazas. Trabajos del Museo Nacional de Ciencias Naturales, (36), 150 p.

1929. Guía de la caverna prehistórica de la Peña de Candamo. Ed. Marqués de la Vega de Anzo, 24 p.

1929. Datos geológicos de la meseta toledano-cacereña y de la fosa del Tajo. Memorias de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 15(1), 183-198.

1930. Reorganización de la Junta de Parques Nacionales y designación de Sitios y Monumentos Naturales y de Interés Nacional. Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 30, 78-81.

1930. El meandro encajado del Tajo en torno de Toledo. Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 30, 116-119.

1930. Aclaraciones relativas al torno del Tajo en Toledo. Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 30, 194-196.

1930. Las grandes fieras de los yacimientos paleontológicos de Concud (Teruel). Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 30, 149-158.

1930. Un suido y un nuevo cérvido del yacimiento paleontológico de Concud. Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 30, 331-344.

1933. Guías de los Sitios Naturales de Interés Nacional. Número 3: La Comisaría de Parques Naturales y la protección a la naturaleza en España. Publicaciones de la Comisaría de Parques Nacionales. Madrid, 56 p.

1934. Síntesis fisiográfica y geológica de España. Trabajos del Museo Nacional de Ciencias Naturales, (38), 584 p.

1935. Expedición científica a Ifni. Publicaciones de la Sociedad Geográfica Nacional. Ser. B, (63), 31 p.

1944. El Museo de Ciencias Naturales y sus naturalistas de los siglos XVIII y XIX. Publicaciones del Museo Nacional de Ciencias Naturales, 81 p.

1947. La Península hispánica en los tiempos históricos. In: Historia de España (Dir. Menéndez Pidal). Ed. Calpe. Madrid, 61 p.

1949. El Sáhara español. Estudio geológico, geográfico y botánico. Publicaciones de la Dirección General de Marruecos y Colonias, 810 p.

1952. El Solar en la Historia hispana. Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Madrid, 766 p.

Algunos trabajos en colaboración

E. Hernández Pacheco y J. Cabré. 1914. Avance al estudio de las pinturas prehistóricas del extremo sur de España. Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas (3), 35 p.

E. Hernández Pacheco y H. Obermaier. 1915. La mandíbula neandertaloide de Bañolas. Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas (6), 43 p.

E. Hernández Pacheco y J.Royo. 1916. Mineralogía, Geología y Prehistoria del Cerro de los Angeles (Madrid). Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 16, 533-539.

E. Hernández Pacheco y N. Puig de la Bella Casa. 1926. Guía geológica de Despeñaperros (Sierra Morena). Libro guía de excursión. XIV Congreso Geológico Internacional, Madrid. Instituto Geológico de España. 46 p.

E. Hernández Pacheco y F. Hernández Pacheco. 1926. Aranjuez y el territorio al sur de Madrid. Libro guía de excursión. XIV Congreso Geológico Internacional, Madrid. Instituto Geológico de España, 104 p.

E. Hernández Pacheco y F. Hernández Pacheco. 1931. Guías de los Sitios Naturales de Interés Nacional. Número 1: Sierra de Guadarrama. Publicaciones de la Comisaría de Parques Nacionales. Madrid, 108 p.

E. Hernández Pacheco y F. Hernández Pacheco. 1932. Guías de los Sitios Naturales de Interés Nacional. Número 2: El Parque Nacional de la Montaña de Covadonga. Publicaciones de la Comisaría de Parques Nacionales. Madrid, 134 p.

E. Hernández Pacheco y F. Hernández Pacheco. 1936. Datos acerca de la exploración geológica de Ifni. Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, 34, 155-176.

Editor: Marcos A. Lamolda