Hasta el momento se han realizado dos campañas arqueológicas de apoyo a la restauración y puesta en valor la Alcazaba de Loja (2002-2003). En ellas se ha podido constatar que las primeras las primeras construcciones en el enclave de la Alcazaba del época medieval se producen en época califal, tratándose no de un asentamiento ocasional, sino de un planeamiento constructivo de gran envergadura, como lo demuestra el edificio puesto al descubierto en el sector exterior al sur de la torre, y los restos constructivos en los niveles inferiores de la torre del homenaje (foto 1 y 2). Este asentamiento califal, sin duda se establece sobre una ocupación anterior, de época romana, como así lo demuestra la existencia de material cerámico, que por lo escarpado del terreno, y al encontrarnos en la cotas más elevadas, no proviene de niveles de arrastre, sino de niveles generados in situ. Lo mismo se puede decir de los indicios de ocupación en época prehistórica