Conocer qué microorganismos se encuentran en la cavidad uterina y determinar si están biológicamente activos constituye uno de los principales retos de la investigación en salud reproductiva. Esta información puede contribuir al desarrollo de diagnósticos más precisos y de tratamientos personalizados para los problemas de fertilidad y determinadas alteraciones del embarazo.
Durante mucho tiempo, el útero humano ha sido considerado un entorno completamente estéril. La llegada de las técnicas de secuenciación molecular permitió detectar material genético microbiano y abrió el debate sobre la existencia de un posible microbioma uterino. Sin embargo, al tratarse de un entorno de muy baja biomasa, resulta difícil distinguir entre microorganismos activos, células inactivas, restos de ADN o señales procedentes de otras zonas del tracto reproductor.