El ADN satélite está constituido por secuencias cortas (en el caso del ADN satélite de los espáridos, secuencias de 186 pares de bases –pb-) que se repiten en tandem cientos de miles o millones de veces en un genoma. Estas secuencias carecen de función codificadora y se acumulan en regiones determinadas de los cromosomas del genoma de una especie. Concretamente, estas secuencias constituyen la heterocromatina constitutiva que se acumula en los centrómeros y regiones subteloméricas, principalmente.
Esta parte del genoma eucariota es muy fácil de aislar y, posteriormente, de clonar. La base para el aislamiento de estas secuencias reside en su elevado grado de repetición y en su disposición en tandem. Así, cuando cortamos el ADN de una especie con una enzima de restricción para la que existe diana en la unidad que se repite, dicha enzima generará millones de fragmentos de ADN de tamaño igual al de una unidad repetitiva (en el caso de los espáridos como la dorada, fragmentos de 186 pb). Esos fragmentos de ADN tendrán una movilidad electroforética idéntica en un gel de agarosa con lo cual se acumularán en el mismo punto en el gel. Este cúmulo de fragmentos resaltará sobre el rastro del resto de ADN genómico observado en el gel de electroforesis. Así identificados los millones de copias de la unidad repetida (monómeros) de nuestro ADN satélite, podemos escindir con un bisturí el trozo del gel que los contiene, fundir la agarosa y purificarlos. Una vez aislados y purificados los millones de monómeros del ADN satélite, pasaríamos a clonarlos. Para ello, se corta el plásmido pUC18, por ejemplo, con la misma enzima que generó los monómeros del ADN satélite estudiado (en nuestro caso, la enzima EcoRI), se incuban plásmido y monómeros en presencia de ligasa y la mezcla se utiliza para transformar células DH5alfa de Escherichia coli.
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aquí para ver los protocolos que se siguen en una práctica de
clonación de ADN satélite de esturión (Acipenser naccarii)
que realizan los alumnos de la asignatura FBAI de Biología. Este
ADN satélite se obtiene con la enzima de restricción HindIII y
tiene una unidad de repetición de 170 pb.