I. INTRODUCCION 

En la naturaleza, los microorganismos se encuentran formando poblaciones mixtas con otros tipos de microorganismos. Los cultivos de estas mezclas se llaman por ello cultivos mixtos. Sin embargo, el conocimiento de los microorganismos se consigue mediante el estudio de cepas aisladas, cultivadas en el laboratorio en cultivos puros (o axénicos). En ocasiones el estudio molecular conduce a la caracterización de los microorganismos, aún en poblaciones mixtas. Sin embargo la identificación bacteriana y la caracterización completa solo es posible tras el aislamiento de la bacteria y la obtención de cultivos puros.  Por ello el primer problema al estudiar una bacteria es su aislamiento del resto de los microorganismos presentes (enn una muestra patológica,  de agua, de suelo, de alimentos, etc.). Una vez que se ha logrado el aislamiento es posible obtener la bacteria de interés en cultivo puro.

1.Aislamiento

Es la separación de un determinado microorganismo del resto de microorganismos que le acompañan. El método más usual es la siembra por estría sobre un medio de cultivo sólido adecuado dispuesto en una placa de petri.

Para ello se toma una pequeña cantidad de muestra con un asa de platino y se reparte sobre la superficie del medio de cultivo. Sobre el medio quedan separadas e inmovilizadas las células bacterianas. Tras la incubación en condiciones adecuadas, cada célula viable origina una colonia visible resultado de sucesivas divisiones celulares. Cada colonia bacteriana tiene unas características determinadas en cuanto a su forma, borde, elevación, tamaño , consistencia, etc..  Los tipos de bacterias presentes en la muestra original es visible como tipos diferentes de colonias. A  partir de colonias separadas suficientemente es posible obtener un cultivo puro de cada uno de los tipos de bacterias presentes en la muestra original.. 

El éxito del aislamiento, de la separación sobre el medio de cultivo, depende de la superficie sobre la que se ha distribuido la muestra. Es muy importante realizar el mayor número de estrías posible. En las primeras estrías aparecerán colonias confluentes o una masa continua de microorganismos. En las estrías finales deberán aparecer colonias separadas unas de otras. El aislamiento requiere un reducido inóculo de partida. La sucesiva disminución del tamaño de la población sobre el asa (por descarga sobre el medio de cultivo) al recorrer el medio de cultivo, debe asegurar que finalmente algunas células queden suficientemente separadas (aisladas unas de otras) sobre la superficie

Criterios para la diferenciación de colonias

El aspecto de las colonias, su coloración, tamaño, etc. permiten diferenciar diferentes bacterias, aunque son propiedades generales muy influenciadas por las condiciones de cultivo, por lo que a continuación se realiza una descripción muy general. Las colonias pueden ser opacas, translucidas o transparentes. Algunas producen pigmentos fluorescentes cuando se iluminan con luz ultravioleta. Otras aparecen con superficie pulverulenta, otras son lisas, o rugosas, o poseen anillos concéntricos. En ocasiones el olor es también característico

vista de perfil de colonias bacterianas sobre TSA

Colonia de Serratia: aspecto mucoso, comienza a pigmentar en la parte central

2. Obtención de cultivos puros

Se trata de obtener el cultivo de un solo tipo microbiano en un medio de cultivo, por ejemplo en un tubo inclinado de agar nutritivo. Para ello, se obtiene una pequeña cantidad de masa bacteriana de una colonia separada en el aislamiento. Con ella se inocula un nuevo medio de cultivo haciendo estrías muy juntas. La incubación en condiciones adecuadas proporcionará un cultivo puro. Puede repetirse el proceso con cada tipo de colonia. Se obtendrá una colección de cultivos puros, separados, de los microorganismos que coexistían en la muestra original

.Es aconsejable hacer un segundo aislamiento antes de proceder a la obtención del cultivo puro. Si todas las colonias de la segunda placa resultan idénticas, puede usarse una de ellas para establecer el cultivo puro. Obtenido el cultivo puro es conveniente  comprobar su pureza mediante una tinción de Gram. Los cultivos puros de microorganismos son mantenidos en el laboratorio por resiembras (pase de un medio de cultivo a otro) sucesivas. Una de las copias puede ser liofilizada para su conservación