MAKESCRIPT

La traducción al castellano es de: Isabel Serván Martínez supervisada por J.M. Fernández

La presente guía es el primer esbozo. Se agradecen cualquier tipo de sugerencia para su mejora, que pueden ser enviadas al autor. Una vez que este documento se revise, la nueva versión aparecerá en la Portada de RasMol.

CONTENIDOS

"Preliminares"

- ¿Ha quedado ya este documento obsoleto?

- Usar una copia privada o local de este documento.

- ¿Qué es necesario saber antes de empezar la lectura de este documento?

- Guiones creados a partir de RasMol versus guiones "PELICULA" manualmente creados: revisiones y pausas.

- ¿En qué se diferencian un guión de película tradicional del guión "película" que proponemos?

- ¿No hay una manera más fácil de crear un guión?

- ¿Deberíamos usar RasMol o Chime?

"La creación de un guión"

- Ficheros de guiones: directorios de trabajo, nomenclatura, transporte, guiones de iniciación.

- Un guión para todas las moléculas.

- ¿Cómo iniciar un guión?

- Errores de traslación.

- Cómo escribir un guión bien estructurado.

- Cómo subtitular las imágenes de un guión.

- Establecimiento de títulos.

- Cómo hacer girar o mover a una molécula.

- El trabajo en medio de un guión largo.

- Permitir la interacción del usuario o se mantienen las copias de seguridad.

- Cómo se puede controlar la temporización de un guión.

- Cómo se pueden acoplar dos moléculas.

- Cómo se pueden acelerar las operaciones "internas".

"Apéndices"

_ ¿Qué necesita RasMol para una mejora en el manejo de guiones?

- Cómo se pueden extraer secciones de un fichero PDB.

"Notas a pie de páginas"

PRELIMINARES

Este documento se escribió en junio de 1996 para la versión de RasMol 2.6 beta-2. Si existe ya una nueva versión, probablemente este documento esté ya obsoleto, al menos en algunas de sus partes. Compruebe en "Acceso a RasMol en la

red" qué versión está de momento disponible.

Véase también el apartado de abajo que se refiere a maneras más fáciles de escribir un guión.

Si se dispone de una conexión rápida y eficaz con Internet, recomendamos que señale con un marcador este documento para leerlo dentro de tu navegador de res (por ejemplo, Netscape). Si se prefiere el uso de una copia local, debería comprobar la versión que existe en la red periódicamente por si se hubieran hecho revisiones o puestas al día.

Para guardar una copia local, en el fichero seleccionado de Netscape, se "archiva como" y se especifica un nombre de fichero tal como "makescrp.htm". Para leer su copia local, en el fichero escogido de Netscape, abra y después seleccione la copia del documento. Es posible también leerlo en un ordenador que no tenga acceso a Internet pero es necesario instalar un "navegador de red" además de una copia de este documento.

Este documento tendrá más sentido si se carga y se echa un vistazo al guión antes de leerlo, con el fin de analizar brevemente los contenidos de los ficheros. Se recomienda el guión DNA3.

Se supone que el usuario está familiarizado con el funcionamiento del despliegue de menús de RasMol, el ratón y las interfaces de "líneas de órdenes" RasMol. No se explicarán las órdenes de RasMol que se mencionan a continuación. El funcionamiento y contenido de estas órdenes se podrá buscar pulsando HELP para echar un vistazo en el manual de RasMol, o bien en el manual de la red. Puede utilizarse la orden FIND del visualizador del usuario para buscar este último.

Si bajo Windows la ayuda de RasMol no funciona, es necesario trasladar el fichero "raswin.help" al mismo directorio donde está el programa "raswin.exe". El usuario puede conseguir los fichero sde ayuda en el lugar de la red dedicado a RasMol instalando RasWin.

Si usted no está todavía familiarizado con lo anteriormente descrito, una buena forma de iniciarse en el funcionamiento del programa sería a través de las guías para principiantes que le muestra paso a paso todas las características de RasMol. La guía de David Marcey es un buen punto para empezar y supondrá una preparación suficiente. LA guía elaborada por Andrew Coulson es excelente para un tour por RasMol más extenso y avanzado.

Para la creación de un guión, también necesitará un editor de texto sin funciones; esto es, un editor que guarda lo se teclea como un simple texto ASCII en un fichero de disco; a diferencia de un procesador de textos (tal como WordPerfect o MS Word) que almacena lo que se teclea en un formato de particular inescrutable para RasMol. No obstante, la mayoría de los procesadores de textos poseen una opción que permite el almacenamiento de un texto como un texto sencillo ASCII. El usuario debe asegurarse dr que está usando esta opción,.

Un guión RasMol es un fichero de disco de "texto sencillo" (texto ASCII) que contiene una serie de órdenes RasMol. Supongamos que el fichero de disco del guión se denomina "myscript.spt", por lo que la orden "script myscript.spt" pasará el guión. Se produce el mismo efecto que se consigue si se hubiera ejecutado cada orden del fichero del guión en la ventana de línea de órdenes RasMol

RasMol puede crear un guión. Por ejemplo, seleccione la imagen que quiera de una molécula; después introduzca la orden "save script s1.spt", seguida de "zap", y a continuación "script s1.spt": al pasar el guión se recreará exactamente la image presente en el momento en el que se archivó el guión.

También se puede guardar la imagen seleccionando "Export", GIF para producir un fichero de imagen GIF (que se puede visualizar seleccionanfo File, Open en Netscape). La ventaja de archivar un guión consiste en que después de la imagen es recreada a través de RasMol, se pueden realizar más operaciones con la molécula; mientras que la imagen GIF es una imagen plana que no permite ningún movimiento o cambio.

Un guión creado a través de RasMol produce una única imagen después de que todos las órdenes en el guión hayan sido ejecutadas. Para hacer una película, las imágenes ("marcos" en la jerga del cine) deben ser visulaizadas en múltiples ocasiones a lo largo del guión. Esto se ejecuta con la orden "refresh", que aparece por primera vez en RasMol 2.6 beta-1. Por ejemplo, las órdenes "rotate y 3 refresh" repetidos 30 veces giran la molécula alrededor del eje Y en incrementos de tres grados (tres grados entre marcos) y luego la frenan después de un total de 3*30=90 grados de rotación (veáse abajo "giros" para realizar esto de una forma más fácil). Por su parte, la orden "rotate y 90" tiene finalmente el mismo efecto pero no muestra ningún estadio intermedio.

RasMol 2.6 beta 1 también proporciona la orden "pause", que también lleva a cabo un repaso, pero además espera que se pulse alguna tecla antes de continuar. Con un guión "pausado" se puede dar una clase de forma excelente. RasMol 2.6 beta 2 permite cancelar la ejecución de un guión con Ctrl-D (o Ctrl-Z) accionados cuando se está en una pausa. Antes de que existiera esta posibilidad no había forma de detener la ejecución de un guión bajo el rápido "rearranque" de Windows. Todavía no hay ninguna forma de para un guión que carece de pausas (véase abajo). Nos referiremos al guión de RasMol manualmente creado que contiene revisión o pausas como una "película". Las comillas indican que no se trata de una película a la manera convencional.

Tanto los guiones convencionales de cine como los guiones de RasMol "película" consisten en una serie de marcos o imágenes. No obstante, nuestro guión "película" posee una serie de ventajas. En primer lugar, si está bien estructurado, es fácil omitir una sección o recolocar secciones. Las secciones se pueden omitir si sencillamente no se comentan (precediendo la llamada del subguión con el caracter de comentario #). En segundo lugar, el ratón y el menú pueden utilizarse para manipular la molécula interactivamente, de maneras no predefinidas por el programador del guión.

Las películas convencionales de moléculas son en su mayor parte dibujos animados muy simplificados. Carecen de la atractiva autenticidad de la visualización de RasMol, pero tienen la ventaja de que algunos procesos complejos son mucho más fáciles de representar que en RasMol. Otra diferencia fundamental es que un guión RasMol "película" es muchísimo más fácil de crear que el de una película convencional.

Se espera que algún día RasMol disponga de un interface de "películas" o "animación" que haga más fácil de lo que es ahora la creación de un guión "película".

Andrew Coulson está trabajando en la actualidad en un programa accesorio que simplificará la creación de guiones Rasmol. El programa de Coulson está escrito en VISUAL BASIC y se comunica con RasMol a través de DDE; por tanto no funciona con Macintosh o Unix. Sin emabargo, los guiones que se creen a partir de él no dependerán de ninguna plataforma. Marco Molinaro tiene la intención de construir una interface para la realización de "película" directamente en su Berkeley-Enhanced UCB-RasMol.Esto hará posible que funcione en todos los ordenadores que permite RasMol.

De momento esta forma facilitada no se encuentra disponible. Además es probable, que una interface para la creación de "película" produzca un guión RasMol que puede necesitar ajustes más detallados hechos editando manualmente el fichero del guión. Por tanto, parece probable que el conocimiento que se tenga sobre la creación manual de guiones sea útil incluso cuando el proceso se haya automatizado; especialmente durante el periodo de transición cuando las primeras versiones de test-beta de estos programas de automatización estén disponibles. Así que continúe leyendo.

¿Deberíamos usar RasMol o Chime?

Si se ha planteado seriamente empezar a escribir guiones para RasMol, debería instalar Chime y echar un vistazo a las impresionantes clases prácticas que se han preparado con él. No obstante, apreciará que al usar las ventanas de gráficos, no se alcanzará lo que ya ha sido realizado en los guiones "película" existentes de RasMol.

Chime es un derivado de RasMol que se puede utilizar libremente para uso académico y personal. Ha sido creado por Tim Maffet y colaboradores en MDL Information Systems. Inc. Aunque alrededor de dos tercios de las 30.000 líneas del código fuente de RasMol fueron usados en Chime profundamente modificadas, MDLI ha invertido más de dos años por persona en añadir más ampliaciones, en parte para ejecutar Chime como un conector Netscape. Menos de un tercio del código fuente de RasMol es un derivado de RasMol.

Chime requiere un visualizador de marcos tal como la versión 2 de Netscape; aunque la versión 3 producirá mejores resultados. Esto significa que la página Netscape puede tener una pantalla de texto desplazable junto a la pantalla de gráficos de moléculas. La ventana del texto no sólo puede adaptarse fácilmente a una clase práctica larga (sobrepasando con creces los títulos abreviados que aparecen en la pantalla

de línea de órdenes RasMol); sino que también el texto puede contener botones para pulsar que permitan la ejecución de cambios sucesivos en los gráficos visualizados.

Chime tiene que ser cargado e instalado una vez (un proceso fácil); después de esto aparece automáticamente. La instalación de RasMol es un poco más difícil ya que los tipos químicos MIMES han de ser configurados una vez manualmente en los menús Netscape Option Helpers (Ayudas de opciones Netscape). Cuando se recurre a RasMol a través de Netscape (por ejemplo, cargando un archivo PDB), RasMol aparece en una pantalla separada, mientras que los marcos de gráficos Chime aparecen directamente en la página de la red, en la pantalla de Netscape. También pueden aparecer varios gráficos Chime en una única página, si se desea.

Parece ser que Chime tiene el potencial para crear grandes guiones "películas". Se adecúa a todo el lenguaje de guiones "RasMol" (aunque en la actualidad carece de una interface de línea de órdenes; por lo tanto probablemente sea más fácil desarrollar guiones en RasMol y después transportarlos). Puesto que puede ser controlado por "hypertext markup language" (HTML), la creación de una copia de seguridad es fácil (aunque de momento no es posible en un guión RasMol "película").

Es probable que Chime se convierta en un importante vehículo para el desarrollo de una clase práctica en la que se trate la visualización molecular. No obstante, de momento, la documentación disponible para desarrollar una clase a través de Chime es inadecuadao; faltan muchos detalles, muy necesarios, para el desarrollo de guiones.

Si usted aspira a escribir guiones Chime, será mejor y quizá esencial escribirlos en RasMol, por ahora, y después transportarlos. Siga leyendo.

(Advertencia: la opinión que se ha dado aquí pertenece a una persona que nunca ha escrito un guión Chime, aunque lo intentara una vez).

LA CREACION DE UN GUION

Macintosh: como el autor de este documento no es un usuario de Mac, no se proporcionan detalles sobre esto, Si usted puede suministrar aluguna información, por favor contacte con el autor.

Unix es muy parecido a Windows 3.x (supongo).

Bajo Windows 3.x, un guión consiste en un fichero de guiones de alto nivel que posee varios ficheros de subguiones; los nombres de los ficheros acaban, por convención, en ".spt". Los ficheros PDB que tienen que ser cargados por el guión pueden encontrarse en un directorio diferente, suponiendo que la orden "load" ponga notas a ese directorio (e. g. 'load pdbfiles\11fa.pdb"). No obstante, el hecho de tener partes diferentes de un grupo completo de ficheros de guiones en directorios distintos complica el archivo del guión en un único fichero comprimidoe igualmente la recuperación del mismo como para mantener la estructura del directorio. Por tanto, se recomienda emplazar todos los ficheros (y únicamente esos ficheros) que pertenecen a un único guión en un subdirectorio separado.

Con el fin de hacer que RasWin encuentre los ficheros de guiones, estos tienen que estar en el directorio de trabajo. El "directorio de trabajo" se especifica en el diálogo Windows "File, Properties". Puesto que normalmene cada guión engloba docenas de ficheros, el trabajo se nos facilita si guardamos cada guión en su directorio de trabajo separado. Esto implica que sea necesario utilizar la orden "File, Copy" para hacer una nueva copia del icono RasWin para cada guión.. Posteriormente esto ayuda a cambiar el nombre del campo "File, Properties,Description" por el del guión. El resultado será una serie de iconos RasWin, cada uno de ellos con el nombre del guión que activa.

Supuestamente, RasWin activa un guión automáticamente pulsando su icono. Esta tarea se lleva a cabo especificando el guión como un parámetro en el campo "File, Properties, Command-line", por ejemplo para activar el guión "dna2.top', "c:\raswin\raswin.exe -script dna3.top".

No obstante, RasW en 2.6 beta 1 y beta 2 tiene un fallo que hace que un guión que se accione de esta manera se destruya con la primera pausa. En caso de que se tenga que accionar un guión sin pausas de esta manera, se necesitará al menos una pausa para abrir la ventana de líneas de órdenes y para el posicionamiento correcto de las ventanas. Por tanto, hasta que se solucione este defecto todos los guiones tienen que ser iniciados manualmente tecleando, por ejemplo, "script dna3.top" en la pantalla de línea de órdenes de RasWin.

¿Podría alguien suministrar detalles diferentes para Windows 95, Windows NT, os/2, etc.?)

Transporte. Se recomienda que los ficheros que tengan únicamente un guión sean archivado en un único fichero comprimido para su traslado por Internet. Como mejor se consigue esto es con un fichero auto-extraíble que comprueba su propia integridad durante su visualización, tal como el fichero DOS EXE hecho con PKZIP seguido de ZIP2EXE. (¿Informa un Mac sobre el deterioro durante el proceso de visualización de un fichero .sit.hqx.? ¿Qué ocurre con la descomprensión en Unix?

Un guión "película" autocontenido comienza con la orden "load" para cargar un fichero PDB. No obstante, un guión que no contenga ni "zap" (para borrar el PDB cargado), ni "load" (cargar) no puede ser aplicado a ninguna molécula. Un buen ejemplo es un guión que sirva para establecer una particular paleta de colores. A continuación vamos a crear un guión denominado "colhyd.spt" que contiene:

#COLOR HYDROPHOBIC GRAY, POLAR GREENBLUE, AND CHARGED GREEN.

define temp selected #REMEMBER CURRENTLY SELECTED RESIDUES

select temp and hydrophobic

color [180,180,180] #GRAY = EQUAL INTENSITIES OF RED, GREEN, BLUE [MAX 255]

select tem and polar

color greenblue

select temp and charged

color green

refresh #PUT THE NEWLY COLORED IMAGE ON THE SCREEN

select temp #RESTORE THE ORIGINALLY SELECTED RESIDUES

Ahora, puede accionar la orden "script colhyd.spt" independientemente de la molécula que esté cargada. Además, la orden "temp" hace que los colores se apliquen únicamente a los aminoácidos seleccionados antes de activar el guión, al igual que hace que el guión vuelva sin cambiar el subgrupo selccionado antes de que el guión fuera ejecutado. Por supuesto, si se seleccionaron todos los residuos, todos aparecerán coloreados de esa forma.

Se pueden colorear únicamente los grupos laterales y dejar los átomos del eje en un gris más oscuro con el guión "colhyd-b.spt".

script colorhyd.spt #FIRST, COLOR BY HYDROPHOBICITY/CHARGE

define temp selected

select temp and backbone

color [150,150,150] #DARK GRAY

select temp

Elija una molécula y cárguela. Luego utilice, el ratón, los menús y la línea de órdenes para crear la primera imagen que quiera que aparezca en el guión. Preste especial atención a las órdenes que no sean de desplazamiento y de enfoque. Con la orden de RasMol "save script" cree un guión para generar esa imagen.

El guión resultante será innecesariamente largo y lento de pasar. Por tanto se recomienda que se coloquen cerca de la parte de arriba únicamente las órdenes de "zap","load" (carga),"rotate" (rotación), "translate" (traslado) y "zoom" para poderlas copiar posteriormente en su guión. (A menos que haya utilizado valores no preestablecidos en su guión, no necesita las órdenes "background", "ambient", "specular", "slab", etc.).

Añada a los anteriores cualquiera de las siguientes órdenes "select" (selecionar), "restrict" (limitar), "display" (visualizar), "color", necesarias para reestablecer la imagen deseada de una forma eficiente. Lo normal es que se quiera desactivar la representación "wireframe" y activar cualquier otra. Nótese que cuando se seleccione, por ejemplo, la orden "backbone" del menú de visualización, todas las otras representaciones quedan desactivadas. Por el contrario, la orden "backbone 0.5" deja a las demás representaciones activadas; por tanto, lo que se necesita para que la representación "wireframe", por defecto sea desactivada.

El fichero PDB debería copiearse en el directorio reservado para el guión nuevo. Con el fin de facilitar la activación del guión en distintos ordenadores, la orden "load" (carga) sólo debe de especificar el nombre del fichero PDB. Por ejemplo:

load pdb "E:\RASWIN\SCRIPTS\DNAREG\3CRO.PDB"

debería pasar a load pdb "3cro.pdb"

Importante: nótese el cambio a minúsculas. Mientras que Windows no toma en consideración el cambio de mayúsculas a minúsculas, Unix sí lo hace. Los nombres de ficheros PDB estarán normalmente en minúsculas en un sistema Unix.

Por tanto, el nuevo guión puede tener una apariencia como la que a continuación se muestra. Las líneas en cursiva se extrajeron de un guión escrito a través de RasMol. Las líneas que no aparecen en cursivas se añadieron manualmente para recrear la imagen deseada.

zap

load pdb "3cro.pdb"

rotate z 176

rotate y 64

rotate x -148

#Aquí puede ser necesaria una revisión para corregir errores de translación

translate x 5

zoom 200

wireframe off

backbone on

color group

select *a or *b

backbone 0.5

select *a

color magenta

select *b

color greenblue

Hay pocos errores en RasMol o en sus normas para manipular un guión. Sin embargo, se puede ver como una orden de translado ejecutada después de alguna orden de rotación puede no producir ningún efecto en un guión. Esta es un error reconocido (y confirmado por Roger Sayle) que únicamente afecta a los guiones: la misma secuencia de órdenes emitidas manualmente funciona perfectamente. Para evitar esto, se puede insertar una orden de revisión entre el final de las órdenes de rotación y la siguiente orden de translación.

Un ejemplo de esto puede observarse en el subguión hb-hemox.scr en mi guión HEMOGLOB. Este puede visualizar una imagen no deseada, sin embargo es de momento la única forma de evitarlo.

Dar a estructura a un guión (o un programa, rutinas o procedimientos) facilita su comprensión y su mantenimiento. Estructurar un guión significa que el guión debe estar dividido en subguiones cortos (subrutinas, subprocedimientos).El guión debería estar dividido en una serie de secciones mayores o capítulos. Estos tendrían invocarse en guión de alto nivel. Si un capítulo es largo, se recomienda subdividirlo en guiones de subcapítulos, y así sucesivamente. Una serie de dos o más órdenes deberíamos convertirla en un subguión independiente.

Supongamos que tenemos que establecer la misma paleta de colores en varios lugares de un guión. Copiar la serie de órdenes idénticas en los sitios donde se necesitan resultaría en una estructura bastante pobre, ya que si posteriormente tenemos que cambiar las órdenes de color, habrá que cambiarlas en todos los lugares donde se han usado. Siendo humanos es muy probable que nos saltemos alguna sin darnos cuenta. En un guión bien estructurado, estas órdenes de color se agrupan en un fichero de subguión separado (tal como el ejemplo colorhyd.spt, que ya ha sido mencionado). Luego podemos

recuperar este subguión ("script") en el momento en que queramos utilizar esta paleta de colores en el guión con el que trabajamos.

El guión de alto nivel de, por ejemplo, "dnareg.top" debe contener únicamente llamadas a guiones de capítulos más importantes, algo parecido a lo que aparece a continuación:

script intro.spt #INTRODUCTION: AMINO ACIDS, NUCLEOTIDES, REPRESENTATIONS

script dna.spt #THE DNA DOUBLE HELIX (PROTEIN NOT SHOWN)

script protein.spt #OVERVIEW OF PROTEIN BACKBONE STRUCTURE

script hbonds.spt #HYDROGEN BONDING WITHIN THE PROTEIN

script contacts.spt #AMINO ACID CONTACTS WITH NUCLEOTIDES

Supongamos que en una clase queremos proyectar sólo tres de los cinco capítulos; para ello, se puede editar el fichero "dnareg.top" simplemente insertando "#" al comienzo de cada llamada del guión con el que no se desea trabajar ("#" significa que el resto de la línea es un comentario que RasMol desestima). Con un proceso igualmente fácil, se puede alterar el orden en el que proyectamos los capítulos. Estos procesos resultan más fáciles si el guión está bien estructurado.

En el guión "DNA3" la molécula se mueve girando 15 grados alrededor del eje X; después retrocede, luego alrededor del eje Y para volver después a retroceder. Se me ocurrió que esto podría ser interpretado por el espectador como una escena de la molécula "agitándose" y por ello llamé al guión que

lo ocaasiona "wave.scr" (wave, en inglés agitar). En algunos casos, para estructuras enfocadas con el zoom a gran tamaño, un movimiento sobre una escala de 5 grados, con incrementos de un grado, parece preferible al anterior, por lo tanto, quedaría así: "wave1.scr". Sería mejor denominar más sistemátimáticamente de estos guiones, tal como "rock15-3spt" y "rock5-1spt".

En ocasiones es necesario hacer girar a la molécula sobre una escala total de 90 grados alrededor de X, y o Z. Por ejemplo, el guión "x90-2scr" hace girar la molécula 90 grados alrededor de X con dos grados de incremento. El guión "x-90-3.scr" hace girar -90 grados alrededor del eje X con un incremento de -3 grados. (El guión "y3.scr" debería llamarse "y90-3.scr".

La orden de RasMol "echo" suministra un mecanismo para producir subtítulos de textos o descripciones de imágenes de guiones que aparecen en la pantalla de línea de órdenes y que cambian cuando la imagen cambia. Véase cualquiera de los guiones Martz, por ejemplo, el DNA3. El guión "clrleg.scr" sirve para despejar la zona del subtítulo. Personalmente, he estandarizado mis subtítulos hasta un máximo de seis líneas; por lo tanto el arranque en todos los guiones necesita que una región de seis líneas de la pantalla de líneas de órdenes aparezcan en bajo la pantalla de gráficos. Evítese el uso de comillas en textos repetidos.

La capacidad de etiquetaje de átomos de RasMol para realizar pantallas de títulos en la ventana de gráficos, como que ejemplificado en el guión DNA3. El archivo "list.pdb" contiene una lista de pseudoátomos colocados en una columna vertical para definir las posiciones de la fila de etiqueta, y guiones tales como "dna4titl.scr" (utilizados tanto en DNA3 como en DNA4) que pueden modificarse para suministrar pantallas de títulos.

Cuando un guión llega a ser los suficientemente largo como para estar actuando durante varios minutos, a veces no se quiere esperar que el guión empiece a pasar desde el principio cada vez que se quieren ver lo que último que se ha añadido.

Por supuesto si existen diferentes PDb cargados en distintas secciones del guión, algunas secciones previas pueden ser

anuladas. A menudo, sin embargo, un guión puede continuar utilizando una imagen que pertenece al subguión anterior. De esta manera para comprobar el subguión que está utilizando actualmente, debemos determinar primeramente la imagen desde la que se inicia.

Existe un truco que consite en hacer la ventana de gráficos muy pequeña de tal manera que podamos pasar el guión muy rápidamente con el fin de comprobar la posibilidad de errores. El tamaño de la ventana puede ser modificado durante cualquier pausa.

Existe otro método que implica el uso del mecanismo automático de RasMol para la creación de guiones. En DNA3, el subguión dna3a.scr carga el fichero PDB y los siguientes subguiónes dna3b.scr a través de dna3f.scr continuan con la imagen anterior. Un buen método consiste en pasar, por ejemplo, dna3a.scr, y luego ejecutar "save dna3az.scr" (Z significa el final del guión). Cuando quiera pasar comprobando si existe algún fallo el dna3b.scr, primero debe ejecutar "script dna3az.scr" para establecer la imagen inicial requerida. Por supuesto, los archivos Z no forman parte del guión final. (Quizá fuera preferible denominar a estos archivos, por ejemplo, zdna3a.spt para hacer más fácil su localización en una lista ordenada de directorios).

Advertencia: RasMol 2.6 beta-1 y beta-2 nop archivan

algunos elementos importantes en guiones que han sido escritos automáticamente. Entre estos alementos se encuentran la selección del subgrupo, el centro de rotación y algunos rasgos definidos. Por tanto, estas órdenes, se pueden añadir manualmente al final del guión Z, si fuera necesario.

Advertencia: Ténganse en cuenta los errores de translación.

Lo idea es que a los usuarios se les permita utilizar el ratón para interactuar con la imagen en cada pausa de un guión. No obstante las secciones posteriores del guión requieren que la imagen inicial esté intacta, con el fin de mostrar las escenas que se pretende. Por ejemplo, si hacemos girar una imagen con el ratón durante la páusa puede provocar que la siguiente sección del guión no muestre los aspectos que queremos la rotación a la que ha sido sometida.

Una solución para esto (hasta cierto punto aburrida) consiste en escribir un guión en el que después de cada pausa, la molécula se vuelva a orientar hacia la posición que se desee.

En general, no me me molestado en llevarlo a cabo, pero hay unos cuantos ejemplos de esto en el guión DNA3. Por ejemplo, en el subguión dna3aa.scr, otro subguión, el "resetatp.scr" se utiliza en varias ocasiones después de una pausa para garantizar la correcta orientación de la molécula. Propongo que el usuario haga girar la molécula en las pausas a lo largo del guión (véase "Operación del guión" en "dna3.txt").

En la actualidad no exite ningún mecanismo que permita al usuario revisar la sección con la que se trabaja tantas veces como se quiera. Por su parte Chime sí es capaz de llevar a cabo esta función. Una vez que se ha suministrado el mecanismo para realizar la copia de seguridad up, la imagen inicial de cada sección tiene que ser reestablecida. Por tanto, escribir guiones de la forma que anteriormente se describe para permitir la interacción del usuario puede facilitar el backing up con una versión más desarrollada de RasMol.

10. ¿Cómo se puede controlar la temporarización de un guión?

Actualmente el tiempo que se lleva RasMol para generar un nuevo marco (tras una "revisión" (refresh), por ejemplo, después de una rotación) depende de la velocidad del ordenador con el que estamos trabajando. Esto resulta ser bastante incómodo, ya que un guión que esté perfectamente emplazado en el ordenador donde se desarrolló puede que sea muy lento o demasiado rápido si se utiliza en otro ordenador. Esperamos que en una versión más desarrollada de RasMol exista una orden "demora" (delay) que pueda retrasar la siguiente orden en un número específico de centésimas de segundos utilizando el reloj de tiempo real del ordenador. Esto podría ser utilizado en una orden "move" inteligente, lo cual todavía no se ha llevado a cabo.

Las demoras son necesarias en aquellos guienes que no tienen pausas y que han sido ejecutadas en los archivos "delay5.scr", "delay1.scr", etc. que se encuentran en el guión DNA3. Estos se valen de repeticiones de las órdenes "rotate x 360, refresh" que consumen tiempo de la UPC pero no tienen ningún efecto sobre la imagen. Los retrasos restantes dependen, para nuestra insatisfacción, de la máquina.

Aunque existan medidas de apoyo interna para desligar las demoras y los movimietos del funcionamiento de la máquina, hay una serie de trucos para paliar la situación. Incrementando el tamaño de la ventana de gráficos o aumentando la resolución (por ejemplo, cambiando el número de pixels de la pantalla de 640x480 a 800x600) disminuye la velocidad de un guión. En Windows, la versión 32-bit de RasWin es varias veces más rápido que la versión de 16-bit.

Si fuera necesario, el mismo guión puede ser modificado para cambiar la velocidad global. Por ejemplo, rotaciones con 3 grados de incremento pueden cambiar a 2 o 1 grados de incremento para disminuir la velocidad de un guión, al igual que se pueden modificar los ciclos de demora. No obstante, el ajuste del temporizador de un guión largo (de unas 1000 a 2000 líneas) de esta forma nos lleva varias horas.

Marco Molinaro y la plantilla del ModularChem Consortium, de la Universidad de California, Berkeley, han potenciado la capacidad de RasMol para que sea capaz de cargar hasta 5 ficheros PDB separados y manipularlos independientemente. Una vez que esto haya sido perfeccionado, este UCB-RasMol hará posible que los guiones incluyan simulaciones de acoplamiento, como ocurre en la unión de ligandos o en su separación. De momento yo no conozco ningún guión que realice esta función.

Existen, desgraciadamente, algunos fallos en el UCB-RasWin que impide su uso en guiones complejos. Una orden "zap' en un guión hace que el programa se detenga; sin embargo, la orden "zap" funciona bien cuando se ejecuta desde la ventana de líneas de órdenes.

Una de las funciones más potentes de RasMol es su orden "within" (dentro). Como ejemplo de su uso en un guión, se destacan los residuos de un anticuerpo que ponen en contacto enlaces de lisocima antígena en el guión ANTIBOD2, a saber en el subguión cdrlz-c-scr. No obstante, utilizando la orden "within" se ha provocado una demora considerable que es la que necesita RasMol para examinar las distancias entre los 60 millones de átomos y algunos pares de átomos en esta estructura de más de 8.000 átomos (1fdl.pdb). Para acelerar la interpretación de esta imagen, la imagen resultante de esta operación ha sido archivada con la orden "save script". Cargar el guión resultante fue también un proceso lento. Como lo esencial de lo que necesitamos es la selección de átomos en contacto, se extrajeron los átomos manualmente del guión archivado por RasMol y colocados en el subguión "fabcon.scr". Esto hace que la interpretación de los átomos en contacto sea casi instantánea

APENDICES

1. ¿Qué necesita RasMol para una mejora en el control de guiones?

Espero que alguien añada las siguientes funciones de manejo de guiones a una futura versión de RasMol. Al final, puede que incluso me decida a llevar acabo yo mismo modificaciones en el código fuente.

* Una orden "delay" (demora) que no dependa de la máquina.

* Una orden "move" (mover) que pueda rotar, trasladar y/o enfocar a una escala determinada y después se detenga. Tendría que establecer el intervalo (por ejemplo, los grados de rotación) entre marcos para ejecutar el movimiento en un intervalo de tiempo preciso; pero, si el ordenador es demasiado lento, que sea capaz de hacer este intervalo no mayor de un máximo específico.

* Una tecla que pueda detener un guión cuando no esté en medio de una pausa (por ejemplo, en una revisión). Una función más avazada para volver al guión o salir al nivel de órdenes.

* Una función para visualizar llamadas a los guiones de alto nivel como un menú que permita al usuario seleccionar cualquier sección donde comenzar.

* Una función para hacer una copia de seguridad a una pausa anterior. Lo ideal sería que ésta incluyera un mecanismo con el que archivar la posición, etc., de la molécula automáticamente y restaurar la imagen correcta en el momento de la copia de seguridad.

* La restauración automática de una imagen después de una pausa para permitir la interacción del usuario en una pausa sin cambiar la orientación heredada.

* La orden "save script" debería tener subgrupos seleccionados, aspectos definidos y centrado.

* Cuando se está pasando un guión, deberían desestimarse cualquier pulsación de teclas producida antes de que la páusa posterior esté lista para aceptarlas. En la actualidad, cuando se pulsa inadvertdamente una tecla antes de tiempo, el guión

deja pasar una pausa para cada tecla, incluso si dichas pausas

tienen lugar bastante más tarde de cuando se pulsó la clave.

* Debería crearse un dispositivo que perimitiera archivar las posiciones de las ventanas y que por tanto permitiera especificar las posiciones de las ventanas en un guión; si tuvieramos la ventana de línea de órdenes abierta al inicio y sobresaliente debajo de la ventana de gráficos nos solucionaría un montón de problemas.

Hay otra serie de mejoras no relacionadas con el manejo del guión que serían también bienvenidas. Aquí ofrecemos algunas de ellas. Probablemente alguna de ellas requerirá el conocimiento que Roger Sayle posee sobre el código fuente:

* Ajustar los errores de traslado.

* Ajustar el fallo que hace que RasWin desaparezca en la primera pausa cuando un guión se presenta como un parámetro de línea de órdenes en el diálogo Propiedades de Windows.

* Una función que obedezca los registros CONECT incluso cuando sólo algunos están incluidos el el fichero PDB, para indicar dobles enlaces.

* EStablecer algún modo para establecer grupos seleccionados que permita colorear únicamente los residuos seleccionados. Esta función podrá evitar que las proteínas junto con los residuos heteros aparezcan coloreados en un continuo, como ocurre con los fosfolípidos o aguas.

* Una opción para "establecer coordenadas ajustadas" que impida que RasMol cambie las coordenadas atómicas al guardar un fichero PDB.

* Una variable de ambiente que permita a RasMol encontrar el fichero de ayuda en un directorio que no sea con el que estamos trabajando (con el guión).

* La orden "show defined" tendría que dar una lista de todos los rasgos definidos con el cálculo de átomos y de todas las designaciones de cadenas realizadas con los cálculos de átomos.

* "Esc" tendría que borrar la línea de comandos actual.

* La orden "slab" tendría que ser mejorada para que aceptara movimientos relativos del plano de corte, como "slab +2", o "slab -5". Esto permite que un guión pueda mover el plano de corte más fácilmente.

* Debería existir un dispositivo que mantuviera el centro centrado durante los enfoques.

En ocasiones sólo se necesita una parte de un fichero PDB muy amplio, como ocurre en el guión BILAYER1. Un grupo de "instrumentos para amateurs" ha sido desarrollado con este prpósito y está disponible en PDBTOOLS

NOTAS A PIE DE PAGINA

"Directorio"

Lo que se conoce como directorio en DOS o WINDOWS es lo que se conoce como folder en el lenguaje Macintosh.

"PDB"

En este documento, el término "fichero PDB" se usará de una forma genérica para denominar cualquier fichero de coordinadas átomicas.

".scr"

Cuando empecé a escribir guiones, denominé a los ficheros con la extensión ".scr". Posteriormente, descubrí que, por norma, se utiliza la extensión ".spt"; por tanto, en los nuevos guiones aparcerá la extensión ".spt".

".spt"

Parece ser que esta es la forma de denominar los ficheros de guiones RasMol. Chime utiliza esta norma para reconocer automáticamente dichos ficheros. No obstante, a RasMol se le tiene que comunicar el nombre y la extensión del fichero completos, cualquiera que sea su nombre.

"Denominación sistemática de ficheros"

Los nombres de algunos ficheros de subguiones de mis primeros guiones tienden a ser denominados menos sistemáticamente (de una forma menos informativa y más confusa). Me he negado a cambiarles el nombre para ahorrar tiempo (o quizá fuera por pura pereza). Hagamos como si esto sea una clase; así que utilice nombre que sigan un sistema en los nuevos guiones.

".top"

El autor ha decidido utilizar ".top" para finalizar los

nombres de ficheros de guiones de alto nivel (las rutinas principales en la terminología del lenguaje C. Esto facilita su búsqueda entre las docenas y docenas de ficheros ".spt".

Isabel Serván Martínez