Práctica de bioinformática

Bases de datos de secuencias de DNA y proteínas

• EMBL Nucleotide Sequence Database
• GenBank
• UniProt
• Genomas (EBI)
• COVID-19: NextStrain | COVID CG | COVID Trends | NCBI SARS-CoV-2 Resources
• Bases de datos de bibliografía: Entrez, EMBL, PubMed, NCBI Bookshelf.

Secuencias: DNA y proteína.

Rastreo de bases de datos

• FASTA (EBI, Cambridge)
• BLASTn [DNA] (NCBI, USA)
• BLASTp [Proteínas] (NCBI, USA)

Rastrear las bases de datos con las secuencias anónimas siguientes: DNA y proteínas.

Análisis de secuencias

• EMBOSS (Wageningen Bioinformatics, Holanda)

Comparación de secuencias (matriz de puntos)

• Matriz de puntos
• Dottup (EMBOSS, Wageningen, NL), Dottup (EMBOSS, EMBL, Cambridge, UK)
• Dot Plot (Colorado State University, USA)

Secuencias: Gen de la rodopsina (Xenopus), mRNA de la rodopsina (Xenopus), Pseudogen humano de beta-actina

Alineamiento múltiple y reconstrucción de filogenias

• Clustal (EBI, Cambridge)
• Phylodendron: EMBnet, Madrid, Indiana, iuBioarchive

Secuencias: Proteína de primates, subfamilias de Alus, secuencias no relacionadas.

Genómica funcional (predicción computacional de genes)

Bibliografía

• Attwood RK, DJ Parry-Smith (2002) Introducción a la Bioinformática. Pearson Educación. ISBN: 84-205-3551-6
• Páginas de manual de los programas